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Les prélèvements effectués sur l’IDV sont les mêmes que ceux prélevés sur des indemnités ou prime « habituelles », soumises à l’impôt sur le revenu. Les montants correspondants à la part salariale sont prélevés sur l’indemnité brute de l’agent, les montants correspondants à la part de l’employeur sont rajoutés en sus de l’indemnité brute par l’établissement qui envoie à l’ARS l’indemnité brute + la part employeur à rajouter. L’ARS enverra à la CPAM l’ordre de paiement pour l’employeur, qui percevra l’indemnité brute + la part employeur, à charge pour celui-ci de reverser à l’agent l’indemnité nette déduite des prélèvements de la part salariale et à envoyer la part employeur aux organismes concernés.

Il s’agit d’une opération neutre pour l’établissement qui ne doit pas, du fait de l’IDV, devoir payer des montants qu’il n’aurait pas eu à payer si l’agent n’avait pas bénéficié de l’IDV. Ainsi, pour les prélèvements employeur basés directement sur l’indemnité versée (ceux qui pourraient figurer sur la fiche de paye par exemple), l’employeur envoie à l’ARS le calcul de ce coût supplémentaire, en plus du montant de l’IDV brute. L’ARS pourra rajouter à l’IDV brute, le montant de la part employeur, afin que l’employeur n’ait pas de surcoût du fait de l’IDV. Par contre, pour les prélèvements « indirects » qui sont calculés par rapport à la masse salariale de l’établissement (cotisations ANFH, CGOS, CESU…), l’employeur lors du calcul de ses cotisations, ne comptera pas dans sa masse salariale les montants des IDV : la cotisation ANFH, CGOS, CESU sera donc la même que s’il n’y avait pas eu de versement de l’IDV.